|
ამოცანა 5
იზოლატების იდენტიფიკაცია 16S და 26S რიბოსომული დნმ-ის მიხედვით
ხილიდან მიღებული სუფთა იზოლატების იდენტიფიკაციისთვის შევიძინეთ შესაბამისი პრაიმერები (ცხრილი 1, სურათი 1).
ცხრილი 1. რძემჟავა ბაქტერიების პრაიმერები
Lactobacillus rhamnosus
RhamF |
RhamF |
5’ GTCGAACGAGTTCTGATTATTG 3’ ლიოფილურად გამშრალი, მარილმოცილებული, საბოოლოო კონცენტრაცია სინჯარაში 20-50 ნმ შორის
|
Lactobacillus rhamnosus
RhamR |
RhamR |
5’GAACCATGCGGTTCTTGGAT 3’ ლიოფილურად გამშრალი, მარილმოცილებული, საბოოლოო კონცენტრაცია სინჯარაში 20-50 ნმ შორის |
Lactobacillus acidophilus
LacidoF |
LacidoF |
5’CACTTCGGTGATGACGTTGG 3’ ლიოფილურად გამშრალი, მარილმოცილებული, საბოოლოო კონცენტრაცია სინჯარაში 20-50 ნმ შორის |
Lactobacillus acidophilus
LacidoR |
LacidoR |
5’CGATGCAGTTCCTCGGTTAAGC3’ ლიოფილურად გამშრალი, მარილმოცილებული, საბოოლოო კონცენტრაცია სინჯარაში 20-50 ნმ შორის |
Lactobacillusacidophilus
LAcF |
LAcF
|
5’GGAAGCTCAAGACCAAATCATG3 ’ლიოფილურად გამშრალი, მარილმოცილებული, საბოოლოო კონცენტრაცია სინჯარაში 20-50 ნმ შორის |
Lactobacillus acidophilus
LAcR |
LAcR |
5’CTTCTTCAAAACATAAACTTGTG3’ ლიოფილურად გამშრალი, მარილმოცილებული, საბოოლოო კონცენტრაცია სინჯარაში 20-50 ნმ შორის |
Lactobacillus acidophilus
La1 |
La1 |
5’GATCGCATGATCAGCTTATA3’ლიოფილურად გამშრალი, მარილმოცილებული, საბოოლოო კონცენტრაცია სინჯარაში 20-50 ნმ შორის |
Lactobacillus acidophilus
La2 |
La2 |
5’AGTCTCTCAACTCGGCTATG3’ლიოფილურად გამშრალი, მარილმოცილებული, საბოოლოო კონცენტრაცია სინჯარაში 20-50 ნმ შორის |
Lactobacilluscasei
LCgF |
LCgF’ LCgF |
5’ATCATGGAATTGATGGATACCA3’ ლიოფილურად გამშრალი, მარილმოცილებული, საბოოლოო კონცენტრაცია სინჯარაში 20-50 ნმ შორის |
Lactobacilluscasei
LCgR |
LCgR |
5’TAGACTTGATAACATCTGGCTT3’ ლიოფილურად გამშრალი, მარილმოცილებული, საბოოლოო კონცენტრაცია სინჯარაში 20-50 ნმ შორის |
Lactobacilluscasei
Lc3 |
Lc3 |
5’ GCGGACGGGTGAGTAACACG3’ ლიოფილურად გამშრალი, მარილმოცილებული, საბოოლოო კონცენტრაცია სინჯარაში 20-50 ნმ შორის |
Lactobacilluscasei
Lc4 |
Lc4 |
5’ GCTTACGCCATCTTTCAGCCAA3’ ლიოფილურად გამშრალი, მარილმოცილებული, საბოოლოო კონცენტრაცია სინჯარაში 20-50 ნმ შორის |
Lactobacillus plantarum
LbP11 |
LbP11 |
5’AATTGAGGCA GCTGGCCA3’ ლიოფილურად გამშრალი, მარილმოცილებული, საბოოლოო კონცენტრაცია სინჯარაში 20-50 ნმ შორის |
Lactobacillus plantarum
LbP12 |
LbP12 |
5’GATTACGGGAGTCCAAGC3’ ლიოფილურად გამშრალი, მარილმოცილებული, საბოოლოო კონცენტრაცია სინჯარაში 20-50 ნმ შორის |
სურ. 1. პრაიმერები
წვენების ფერმენტაციისთვის შერჩეული შტამების სახეობრივი იდენტიფიკაცია
ხილიდან მიღებული სუფთა იზოლატების იდენტიფიკაცია მოხდა სახეობა-სპეციფიკური PCR-ით. LCgF/ LCgR/, Lc3/ და Lc4 PCR პროდუქტების გელ-ელექტროფორეზი ჩატარდა 2%-იან აგაროზას გელში. Lactobacillus -ის იზოლატები: 1 - G51, 2 - G91, 3 - G99, 4 - G101, 5 - G87, 6 - G90, 7 - G98, 8 - G92, 9 - G93, 10 - G95, 11 - G97, 12 - G96, 13 - G102, 14 - G106; L - 100 bp DNA Ladder (PCRBIOSYSTEMS); PC (1)-დადებითი კონტროლი (Lactobacillus casei ATCC 393), PC (2) - დადებითი კონტროლი (Lactobacillus paracasei ATCC 334). როგორც სურათი 2-იდან ჩანს 1 (G51), 5 (G87), 6 (G90); 9 (G93) იზოლატებში, ისევე როგორც დადებით კონტროლებში, 202 bp და 121 bp ფრაგმენტები გაძლიერდა, რაც მიუთითებს, რომ აღნიშნული ექსპერიმენტული იზოლატები მიეკუთვნება Lactobacillus casei-სჯგუფს. PCR ამპლიკონების ელექტროფეროგრამა წარმოდგენილია (სურათები 2, 3).
სურ. 2. იზოლატების მოლეკულური იდენტიფიკაცია Lactobacillus casei ჯგუფის სპეციფიური LCgF/ LCgR/, Lc3/ Lc4 პრაიმერებით. Lactobacillus -ის იზოლატები: 1 - G51, 2 - G91, 3 - G99, 4 - G101, 5 - G87, 6 - G90, 7 - G98, 8 - G92, 9 - G93, 10 - G95, 11 - G97, 12 - G96,
13 - G102, G 14 - G106; L – 100 bp DNA Ladder (PCRBIOSYSTEMS); PC (1) - დადებითი კონტროლი (Lactobacillus casei ATCC 393), PC (2) - დადებითი კონტროლი (Lactobacillus paracasei ATCC 334).
სურ. 3. იზოლატების მოლეკულური იდენტიფიკაცია Lactobacillus plantarum LbP11, LbP12 სპეციფიური პრაიმერებით. Lactobacillus-ის იზოლატები: 2 - G87, 3 - G99, 4 - G101, 7 - G98, 8 - G92, 10 - G95, 11- G97, 12 - G96, 13 - G102, 14- G106; PC - დადებითი კონტროლი (Lactobacillus plantarum ATCC 14917), NC - უარყოფითი კონტროლი
გვერდის დასაწყისი
|
